«شخصیت ایشان ازنظر رفتاری، ازنظر تأثیرگذاری در خطبه‌های نماز جمعه، از مصادیق بارز رعایت «حقوق الناس» بوده. سخنرانی‌های ایشان هیچ‌وقت بر دوقطبی بودن ندمیده است.»
آیت الله جعفری یک بار در سال 1360 به دلیل پاره ای اختلافات از سمت خود استعفا داد. استعفایی که به فرمان حضرت امام آیت الله هاشمی رفسنجانی مامور مصالحه شد و باعث ابقای آیت الله جعفری در سمت امام جمعه کرمان شد.
مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود در ۲۳ آذر سال ۱۳۶۰ نوشته است:
«با اینکه کمیسیون آئین نامه داشتیم، امروز صبح به مجلس نرفتم، قرار بود باامام ملاقات‌کنم، کارها را با تلفن انجام دادم. احمد آقا اطلاع داد که روحانیون کرمان به زیارت امام برای‌گرفتن تأیید امام، جهت ادامه امامت جمعه آقای‌جعفری آمده‌اند. آقای جعفری امام جمعه‌کرمان چند روز پیش به دنبال اختلاف‌با سران نهادهای انقلاب، از امامت جمعه استعفاءداده‌اند و شروع کار را مشروط به تأیید شخص امام کرده‌اند.
«با اینکه کمیسیون آئین نامه داشتیم، امروز صبح به مجلس نرفتم، قرار بود باامام ملاقات‌کنم، کارها را با تلفن انجام دادم. احمد آقا اطلاع داد که روحانیون کرمان به زیارت امام برای‌گرفتن تأیید امام، جهت ادامه امامت جمعه آقای‌جعفری آمده‌اند. آقای جعفری امام جمعه‌کرمان چند روز پیش به دنبال اختلاف‌با سران نهادهای انقلاب، از امامت جمعه استعفاءداده‌اند و شروع کار را مشروط به تأیید شخص امام کرده‌اند.
به خاطر مراعات حال مخالفان‌ایشان و هم به خاطر شیوه اقدام ایشان، امام به درخواست آقایان جواب روشنی نداده و خواسته‌بودند که من دخالت کنم و مصالحه شود. با آقایان در دفتر امام، مذاکره کردم، قرار شد سران مخالف از کرمان بیایند و توافق کنیم. سپس دفتر امام اعلان نماید. با امام ملاقات کردم.
حجت الاسلام والمسلمین محمدجواد حجتی کرمانی نیز روز گذشته در روزنامه اطلاعات در این باره نوشت:
امامت جمعه آقای جعفری ـ با همه فراز و نشیب‌ها و کارشکنی‌هایی که پاره‌ای از آن‌ها در زمان حضرت امام خمینی(ره) رخ داد به‌راستی می‌تواند به این مقام عزت و حرمت ببخشد و برای دیگران به‌خصوص امام‌جمعه‌های جوان درس‌آموز و الگو باشد. حالا که سخن به اینجا رسید اجازه دهید با نقل خاطره‌ای که مؤیّد این سخن است به این یادداشت خاتمه دهم:
در ایامی که من در مجلس بودم، عده‌ای از علمای کرمان آمدند در مورد آقای جعفری با آقای هاشمی ملاقات کنند. ... آقایان همراه آقای هاشمی خدمت امام رسیدند. امام فرموده بود درجایی که اختلاف هست و عده‌ای آمده‌اند آقای… را می‌خواهند و عده‌ای آقای جعفری را، من صلاح می‌دانم که اصلاً آنجا امام‌جمعه نداشته باشد.
در اینجا مرحوم آیت‌الله حقیقی که در حقیقت بعد از مرحوم آیت‌الله صالحی شخصیت اول روحانیت کرمان به شمار می‌رفتند، به لحن مخصوص خودشان به امام عرض کرده بودند: «ما ازاینجا نمی‌رویم تا شما تکلیف ما را معین فرمانید». امام می‌فرمایند خوب بروید با آقای هاشمی توافق کنید. به هر توافقی رسیدید من موافقم و همان می‌شود که امامت جمعه آقای جعفری تأیید و تثبیت می‌شود و از رسانه‌های جمعی اعلام می‌شود و آقای جعفری با تأیید مجدد امام در سمت خود ابقا می‌شوند.
