محمدعلی گلابزاده مورخ، پژوهشگر و رئیس بنیاد کرمانشناسی در یادداشتی {متن کامل را اینجا بخوانید} در روزنامه اطلاعات نوشت:
به یاد دارم در دهه ۷۰ که آقای مرتضی بانک استاندار کرمان بود، در یکی از سخنرانیهای پیش از خطبهها، آیتالله را به تندی مورد انتقاد قرار داد و ایشان را بدلیل برخی گلایهها از دستگاههای دولتی، سرزنش کرد. از همان لحظه بسیاری در انتظار برخورد شدید آیتالله بودند و حتی اعتقاد داشتند که آقا سیدیحیی، تا پای عزل ایشان پیش خواهد رفت.
اما امام جمعه قدرتمند و پاکزاده این دیار، در نهایت بزرگی و بزرگواری، حتی به روی خود نیاورد و کمترین عکس العملی نشان نداد که همین مسئله موجب شد تا آقای استاندار از تمامی مدیران کل دعوت کرد تا در دفتر ایشان حضور بهم رسانند و در جمع آنها، از آیتالله عذرخواهی کرد و صبوری ایشان را ستود.
... شادروان جعفری، در تمامی مدتی که امامت جمعه کرمان را برعهده داشت، هرگز رضای برخی تندروها را به حفظ آرامش آمیخته با حقیقت سودا نکرد و هر جا میدید گروهی از متعصّبین به دلیل نگرش خاص خود، فرد یا مجموعهای را زیر مهمیز بدنامی گرفتهاند، با آنها همراه نشد و باور و اخلاق خود را فدای رضایت آنها نکرد، او بر این امر تا آنجا پای فشرد که حاضر شد تهمتها را بپذیرد و در چاه تنهایی بنالد، و حتی در یکی دو مورد تا پای استعفا پیش برود، اما ریا و تزویر نداشته باشد و آنچه در دل دارد، بر زبان نیز جاری سازد.