علي مطهري را در عالم رسانه به عنوان کسي که همواره داراي مواضع و رفتارهاي خاص و شاذ است، مي‌شناسند و همين ويژگي باعث شده صاحب‌نظران سياسي و فرهنگي کمتر او را جدي بگيرند.
روزنامه جوان نوشت:
علي مطهري را در عالم رسانه به عنوان کسي که همواره داراي مواضع و رفتارهاي خاص و شاذ است، مي‌شناسند و همين ويژگي باعث شده صاحب‌نظران سياسي و فرهنگي کمتر او را جدي بگيرند.
رفتارهاي سينوسي او به قدري است که اگر کسي مواضع هشت سال پيش او را با مواضع اخيرش مقايسه کند، نمي‌تواند هيچ تناسبي ميان آنها برقرار کند. او در انتخابات مجلس هفتم با اصرار محمود احمدي‌نژاد در ليست اصولگرايان تهران قرار گرفت و رأي آورد و ديري نپاييد که از مواضع سياسي خود فاصله گرفت و رفته رفته به سمت اصلاح‌طلبان گرايش پيدا کرد و همچنان ادامه دارد. او البته هر از گاهي مواضع فرهنگي خاصي اتخاذ کرده که البته هيچ نسبتي با مشي و منش اصلاح‌طلبان نداشته تا القا کند که شخصيتي مستقل و فراتر از جريانات سياسي اصولگرا و اصلاح‌طلب است!
اگر روزي در حمايت از حجاب و در تقبيح بي‌حجابي، کليپ ساپورت‌پوشان را در مجلس به نمايش مي‌گذاشت، اما در عين حال پيش از انتخابات مجلس دهم حاضر به گفت‌وگو و مصاحبه درباره قانون حجاب نمي‌شود، مبادا پايگاه رأي او نزد کساني که شايد ميانه چنداني با مواضع فرهنگي او ندارند، لطمه بخورد.
علي مطهري که اکنون در جايگاه هيئت رئيسه مجلس شوراي اسلامي هم نشسته است، انتظار بود پس از تجربه چند دوره نمايندگي مجلس به رشد و پختگي قابل قبولي رسيده باشد و در اتخاذ مواضع معقولانه‌تر تصميم بگيرد، اما مواضع اخير او نشان داد که نزد علي مطهري در همچنان برهمان پاشنه بي‌بصيرتي مي‌چرخد. پس از انتشار فايل صوتي آيت‌الله منتظري درباره اعدام منافقين در سال 67 که در آن اتهاماتي بي‌اساس متوجه امام، يادگار امام و نظام جمهوري اسلامي ايران شد و با واکنش بيت امام و همچنين مسئولان شوراي عالي قضايي وقت مواجه شد، علي مطهري مدعي شد: اظهارات اخير منتشر شده آيت‌الله منتظري از سر دلسوزي براي انقلاب اسلامي بيان شده است! او اضافه کرد: اگر قصوري هم در نحوه اجراي حکم (اعدام منافقين) بوده است، عذرخواهي شود.
مواضع منتظري عليه امام، دستگاه قضايي و يادگار امام در حالي از سوي علي مطهري «از سر دلسوزي» تعبير شده است که اين مواضع اتفاقاً از نفوذ منافقين و باند سيدمهدي هاشمي معدوم در بيت منتظري و تأثيرگذاري بر رفتارها و تصميمات او نشئت گرفته بود. به قول سيدحسن خميني بازگو کردن سخناني که دروغ بودنشان معلوم شده و بي‌اساس است، چه فايده‌اي دارد؟ موضوعي که علي مطهري به خود زحمت نداده حتي متن رنجنامه مرحوم حاج احمدآقا را در اين زمينه ورق بزند.
علي مطهري البته ديروز هم سلسله مواضع شاذ خود را با اظهارنظري عجيب‌تر درباره حريم و حرمت امام رضا(ع) کامل کرد. او پس از آنکه مورد پرسش خبرگزاري خانه ملت درباره برگزاري کنسرت در مشهد و حواشي آن قرار گرفت، با غلط و نادرست خواندن برخي اظهارات درباره برگزار نشدن هيچ کنسرتي در شهر مشهد گفت: اين کار و نظر، غلط و نادرست است و وزير فرهنگ و ارشاد اسلامي هم نبايد زيربار اين موضوع مي‌رفت. مطهري درخصوص شرايط خاص شهر مشهد نيز گفت: اين موضوع از کجا آمده است؟ چنين چيزي اصلا معني ندارد. وي درخصوص اظهاراتي پيرامون حريم امام رضا(ع) درمورد اجراي کنسرت‌ها تأکيد کرد: چيزي به نام حريم امام رضا(ع) وجود ندارد؟!
